El ex jefe de Prefectura Naval Carlos Fernández y varios ex integrantes de la fuerza fueron procesados en el marco de la causa por los "privilegios" de los que gozaba el prefecto Héctor Febrés, en la celda en que cumplía detención y en la que apareció sin vida en diciembre de 2007, a pocos días de conocerse una sentencia en su contra por violaciones a los derechos humanos durante la dictadura
Fuentes judiciales informaron que la jueza Federal de San Isidro Sandra Arroyo Salgado procesó sin prisión preventiva al ex titular de Prefectura, y a otros seis ex prefectos, luego de conocerse los privilegios que tenía Febrés en la celda de la base naval del Delta, en Tigre.
También fueron procesados el entonces responsable de dicha base naval, Rubén Iglesias, y los ex prefectos Víctor Sosa, Luis María Morel, Rodrigo Olazábal, José Luis López y Roberto Cherey, de acuerdo con lo indicado.
En la causa, la jueza pudo comprobar que Febrés tenía privilegios como por ejemplo recibir visitas fuera del horario permitido, y gozar de salidas para tomar descansos en dependencias de la Armada.
En el expediente quedó comprobado que hubo "traslados durante los meses de enero y febrero a fin de residir o vacacionar en dependencias del Arsenal Naval Azopardo (Azul), durante los años 2003, 2004 y 2005, viajes a los que, en general, era autorizado en virtud de su diabetes o de las necesidades invocadas por la misma fuerza vinculadas a la refacción de su lugar de alojamiento".
Febrés estuvo "vacacionando junto a toda su familia en comodísimas instalaciones, con variados banquetes de comida a su alcance, que en nada se compadecen con el sometimiento a un tratamiento médico tendiente a tratar la diabetes de la que adolecía", consta en la causa.
Sumado a ello, se conoció también que Febrés tenía en su celda DVD, teléfono, celular y una computadora.
El prefecto Febrés apareció muerto el 10 de diciembre de 2007, en la base naval del Delta, y se presume que lo asesinaron mediante la ingesta de cianuro, ya que esa sustancia fue encontrada en el cadáver.
El hecho ocurrió a pocos días que el Tribunal Oral Federal Nº 5 (TOF5) diese a conocer la sentencia contra Febrés, quien estaba siendo juzgado por delitos de lesa humanidad.
Tras ello, Fernández fue desplazado de su cargo tras darse a conocer las irregularidades en que estaba detenido Febrés, y en su reemplazo el Gobierno nacional nombró a Oscar Arce.
Por la muerte del prefecto no hay procesados puesto que la Cámara Federal de San Martín había revocado los procesamientos de primera instancia contra los prefectos Iglesias y Angel Volpi, así como de la esposa de Febrés y sus dos hijos.